Investigadores del CONICET y la UNSAM crearon GCanner, un software que permite analizar de manera más rápida, precisa y estandarizada el genoma del Trypanosoma cruzi. La herramienta podría facilitar el estudio de las distintas cepas del parásito y contribuir, a futuro, al desarrollo de mejores diagnósticos y tratamientos.
El desarrollo fue presentado en la revista científica Methods in Molecular Biology y busca resolver una dificultad que durante años complicó el análisis del genoma de este microorganismo: la falta de un método común para identificar y comparar determinadas regiones genéticas entre las distintas cepas.
El Chagas constituye un problema sanitario de gran magnitud. Según los datos aportados por los investigadores, afecta a aproximadamente 1,3 millones de personas en Argentina y entre 6 y 7 millones en todo el mundo, y provoca cerca de 10.000 muertes anuales.
El funcionamiento de GCanner puede entenderse a partir de una comparación utilizada por sus propios desarrolladores: funciona como una especie de “scanner molecular” del genoma del Trypanosoma cruzi.
El parásito posee una organización genética particularmente compleja. Algunas regiones concentran genes relacionados con su capacidad de infectar células humanas y evadir las defensas del organismo. Estos genes son conocidos como factores de virulencia y se encuentran principalmente en las denominadas regiones “disruptivas”.
En otras zonas, conocidas como regiones “core”, se encuentran genes esenciales para la supervivencia del parásito y que se han conservado a lo largo de la evolución.
“Durante muchos años el desafío más grande de la secuenciación de este genoma radicó en entender cómo se organiza el genoma disruptivo, es decir, los factores de virulencia”, explicó Virginia Balouz, investigadora del CONICET en el Instituto de Investigaciones Biotecnológicas (IIBIO, CONICET-UNSAM) y de la Escuela de Bio y Nanotecnología (EByN) de la UNSAM.
El problema era que no existía una herramienta estandarizada para identificar esas regiones. Cada grupo de investigación utilizaba sus propios protocolos y debía interpretar las secuencias genéticas para determinar qué genes estaban presentes en cada sector.
Según Balouz, esto podía generar resultados difíciles de comparar entre laboratorios. “Es como si cada laboratorio usara una receta diferente para hacer la misma comida”, explicó. Aunque los resultados pudieran parecer similares, no necesariamente eran equivalentes, lo que podía introducir sesgos y dificultar la reproducción de los hallazgos.
GCanner fue diseñado precisamente para evitar esa diferencia de criterios. El programa permite identificar las regiones core y disruptivas a partir de las propias secuencias genómicas, sin necesidad de realizar previamente una anotación o interpretación manual del genoma.
De esta manera, los investigadores pueden analizar y comparar distintas cepas del parásito bajo un mismo criterio.
“Estudios como estos nos ayudan a entender las diferencias entre las distintas cepas del parásito y sientan las bases para el desarrollo de estrategias terapéuticas y diagnósticas que nos permitan combatir esta enfermedad”, sostuvo Carlos Buscaglia, investigador del CONICET en el IIBIO y la EByN y jefe del Laboratorio de Biología Molecular de Protozoarios.
Para los investigadores, además, la estandarización puede favorecer la colaboración científica internacional. Si distintos laboratorios utilizan la misma metodología para clasificar las regiones genómicas, sus resultados pueden compararse con mayor facilidad y combinarse para construir una imagen más completa de la biología del parásito.
El objetivo es que ese conocimiento contribuya posteriormente a identificar diferencias entre cepas y comprender mejor los mecanismos relacionados con la infección y la virulencia.
“El uso de GCanner ayudará a allanar el camino para desarrollar estrategias diagnósticas y terapéuticas adecuadas para combatir la Enfermedad de Chagas de manera eficiente”, afirmó Buscaglia.
